С 1985 года по 1990 год учился в Находкинской городской средней школе № 5, затем продолжил обучение в школе № 16. Окончил её в 1995 году.
В Вооружённых Силах Российской Федерации с 1995 года. В 2000 году окончил Новосибирский военный институт. По словам матери, Евгении всегда говорил, что служит Родине и это для него были не высокопарные слова: « Именно служу Родине, служу своему народу – это было его естество».
Служил в подразделениях сил специального назначения Главного (разведывательного) управления Генерального штаба Вооружённых сил Российской Федерации.
Выполнял специальные задания в государствах на территории бывшей Югославии, в зонах боевых действий в Чеченской республике и в Дагестане, в Абхазии и Южной Осетии.
Был в командировках в Ираке, Сирии, Эфиопии. Ввиду закрытости информации о военнослужащих Главного управления Министерства Обороны России подробности операций, в которых принимал участие Александр Иванович Кононов, не публиковались.
Владел английским, французским, немецким и персидским языками.